Фамилия Трухнина — женская форма, образованная от мужской Трухнин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Трухна, которое могло возникнуть от глагола «трухнуть» — то есть «гнить, портиться, становиться трухлявым». В диалектах слово «трухлый» означало «дряблый, ветхий, ненадёжный», так что прозвище Трухна давали либо хиловатому, болезненному человеку, либо тому, кто выглядел старше своих лет. Впрочем, в некоторых говорах «трухнуть» значило и «дрожать, трястись» — тогда прозвище могло указывать на робость или пугливость носителя.

Модель образования простая: суффикс -ин (-а) — типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «сын Трухны» или «из дома Трухны». Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где была распространена патронимическая система на -ин. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с основой Трух-: например, Трухин, Труханов, Трухинский — все они родственны по корню, но Трухнин выделяется редким суффиксальным вариантом.

Есть и другая версия: Трухна могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Трифон (через народное Труфон или Труха). В русской традиции имена часто сокращали до двух-трёх слогов, и Трухна вполне могло бытовать в обиходе. Однако эта гипотеза менее надёжна, потому что у имени Трифон есть свои устойчивые уменьшительные — Триша, Труша, а Трухна встречается редко.

Сословно фамилия Трухнин, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных она не зафиксирована, а в списках однодворцев и государственных крестьян южных уездов (например, в Тамбовской или Рязанской губерниях) она попадалась. Сегодня Трухнины — нечастая фамилия, её носители живут в основном в центральной России и Поволжье.