Фамилия Трухнин — один из тех случаев, когда за привычным звучанием стоит редкая и неочевидная основа. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имен или прозвищ на -а/-я (Петя — Петин, Гриша — Гришин), Трухнин явно происходит от слова, которое в современном языке почти не встречается в бытовом значении.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Трухнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Трухня. Но что такое «трухня»? Самая прямая версия — от диалектного «труха», «трухлый» (гнилой, рассыпчатый, дряблый). В русских говорах «трухлявый» означало не только «подгнивший» (о дереве, сене), но и переносно — о хилом, слабом или ненадёжном человеке. Прозвище Трухня могли дать либо по внешнему виду (сухощавый, болезненный), либо по характеру (нерешительный, «мягкий»). В ономастике такие «физические» прозвища — одни из самых распространённых, поэтому эта версия наиболее правдоподобна.

Есть и вторая, менее очевидная, но лингвистически интересная гипотеза. В старых псковских и новгородских говорах фиксировалось слово «трухнуть» — «тронуть», «сдвинуть с места». В этом случае Трухня могло быть прозвищем непоседы или, наоборот, человека, которого «не сдвинуть». Однако эта версия слабее: слишком узкий ареал бытования глагола, к тому же он почти вытеснен литературным «тронуть». Основная масса носителей фамилии Трухнин, судя по современным данным, сосредоточена в Центральной России и Поволжье, где «трухлявый» — слово общепонятное.

В дореволюционных переписях фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном, а не массовом происхождении. Скорее всего, Трухнины — это потомки крестьян или однодворцев из южных или центральных губерний, где прозвища с корнем «трух-» были в ходу. Никакого отношения к «трухе» как к пыли или мякине фамилия не имеет — это более позднее, уже общерусское значение слова.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Трухин (от Труха) встречается чаще и тоже связан с «трухлявостью», а вот Трухнин — более редкая, архаичная форма с суффиксом -н-, который в прозвищах добавлял оттенок уменьшительности или, наоборот, пренебрежения. Так что предок современных Трухниных, по всей видимости, был человеком, которого в деревне дразнили за хрупкое сложение или вялый нрав — и прозвище прижилось, перейдя в фамилию.