Фамилия Трухнев — одна из тех, где интуитивное понимание корня почти совпадает с научным, но с поправкой на историю языка. В основе лежит нечто «трухлявое», ветхое, рассыпающееся. Глагол «трухнуть» (гнить, превращаться в труху) и прилагательное «трухлый» дали прозвище Трухня или Трухно. Так могли назвать либо физически слабого, болезненного человека, либо старого, дряхлого, либо того, кто жил в ветхой избе. В говорах слово имело и переносный смысл — «ненадёжный», «шаткий», но прозвище чаще всего было не обидным, а бытовым, констатирующим внешность или возраст.

Суффикс -ев указывает на модель образования от прозвища на мягкий согласный или -й: Трухнев буквально означает «сын Трухня» или «человек из рода Трухневых». Это типичная патронимическая фамилия, закрепившаяся в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь сработал именно вариант с окончанием -ев, что характерно для прозвищ, оканчивающихся на -нь: Трухня → Трухнев.

Интересная деталь: фамилия Трухнев встречается заметно реже, чем однокоренная Трухин. Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечает, что параллельные формы на -ин и -ев от одного корня — обычное дело, но Трухнев сохранил более архаичный вариант основы. Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям, где диалектное слово «трухлявый» было в ходу. Встречается также у потомственных крестьян и однодворцев — сословия, которое особенно плотно фиксировало прозвищные фамилии в писцовых книгах.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Трофим через народную форму Трух. Трофим в просторечии сокращали до Труха, а оттуда могли образовать Трухнев (как Фомин — от Фома, но с другим суффиксом). Однако эта гипотеза слабая: переход «о» в «у» в безударном положении нехарактерен для русских говоров, и словари фиксируют Трофимов, а не Трухнев. Поэтому версия с «трухой» остаётся основной.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители в основном крестьяне и мещане. В документах XVIII–XIX веков Трухневы чаще всего значатся как государственные крестьяне, что косвенно подтверждает прозвищное, а не именное происхождение. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что для рядовой русской фамилии нормально: она живёт не в учебниках, а в метрических книгах и семейных преданиях.