Фамилия Трухнов образована от прозвища или нецерковного имени Трухно. Основа здесь — древнерусское слово «трухлый», то есть ветхий, гнилой, рассыпчатый. В диалектах «трухно» могло означать труху, перегнившее дерево или сено. Прозвище Трухно давали либо человеку с хилым, болезненным видом, либо, наоборот, пожилому, «дряхлому» не по годам. Впрочем, в старину такие прозвища не всегда несли прямую отрицательную оценку — иногда это была бытовая характеристика, которая закреплялась за человеком без злого умысла.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, возникших как притяжательное прилагательное: «чей?» — Трухнов, то есть сын или потомок Трухна. Фамилия относится к числу патронимических, распространённых в центральных и северных областях России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища — скорее всего, в новгородских или псковских землях, где слово «трухлый» было особенно употребительно.

Однокоренные фамилии — Трухин, Труханов, Трухляев. У них схожая основа, но разные суффиксы, что указывает на независимое образование в разных местностях. Трухнов может быть искажённым вариантом от Труханов (от имени Трухан — уменьшительного от Трофим), но такое объяснение менее вероятно: прямое значение «трухлый» лежит на поверхности и не требует дополнительных допущений.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется как дворянская или родовая — это крестьянская или посадская фамилия. Носители её, скорее всего, были землепашцами или ремесленниками, а прозвище досталось от предка, которого в деревне прозвали за внешность или характер. Сословного статуса выше мещанского у Трухновых, судя по архивным данным, не прослеживается.