Фамилия Трупакова — женская форма, образованная от мужской Трупаков, а та, в свою очередь, от прозвища Трупак. Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ак (или -як) указывал на носителя признака. В русских говорах «трупак» — не обязательно связанное с мертвечиной слово. В диалектах, особенно на Севере и Урале, так называли корявый, трухлявый пень, валежник или вообще что-то ветхое и непригодное. Человек, получивший такое прозвище, мог быть медлительным, неповоротливым или, наоборот, заниматься заготовкой и корчеванием пней — работой тяжёлой и малопочтенной.

Вторая, менее очевидная версия: основа «труп» могла относиться к старому значению глагола «трупить» — «шутить, балагурить» или «трупать» — «идти с трудом, ковылять». В этом случае прозвище Трупак давали либо весельчаку, либо человеку с хромотой или тяжёлой походкой. Однако диалектная карта подсказывает, что первая версия с пнём и трухлявостью встречается чаще и надёжнее подтверждается словарями русских говоров.

Фамилия Трупаков — редкая. Она не встречается в центральных губерниях в массовых списках, но имеет очаги бытования в Вологодской, Кировской и Пермской областях. Именно там, в зоне подсечно-огневого земледелия, где корчевали лес, слово «трупак» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян северных и северо-восточных регионов России, занимавшихся расчисткой полей под пашню или лесными промыслами.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в русском языке оно обычно падает на последний слог — Трупако́в. Встречающийся вариант с ударением на «у» — Тру́паков — возможен, но менее распространён и может указывать на иное происхождение (например, от имени Труп, которое в старину давали как охранительное, чтобы обмануть нечистую силу). Но для фамилии Трупакова основной остаётся связь с прозвищем от диалектного «трупак» — пень или валежник.