Фамилия Трупанова образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Трупан → сын Трупана → семья Трупановых. Женская форма Трупанова — это вариант, закрепившийся за женщинами в роду.

Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Трупан. В русском языке слово «труп» исторически означало не только мёртвое тело, но и ствол дерева, колоду, пень. В диалектах «трупан» или «трупень» — это валежник, сухостой, нечто гнилое или лежачее. Такое прозвище могли дать человеку по внешнему сходству: медлительному, грузному, «как колода», либо тому, кто жил возле лесосеки или занимался заготовкой дров. Возможна ироничная подоплёка: прозвище Трупан давали живому и крепкому человеку в насмешку, «от противного».

Словообразовательная модель редкая: основа «труп-» с суффиксом -ан, который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Груздев от груздь, но Груздан — единичный случай). Чаще встречается фамилия Трупанов, а Трупанова — её патронимический женский вариант. Встречаются однокоренные фамилии Трупаков, Трупянников, но все они редки и локальны.

По данным открытых источников, фамилия Трупанов (и её женская форма) бытует преимущественно в центральных и северных областях России: в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это зона традиционного лесного промысла, где прозвища от «трупа» (валежника) были естественны. Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или лесопромышленники, а не дворяне: фамилия не фиксируется в родословных книгах.

Спорная версия: связь с тюркским словом «труп» (в значении «прямой», «ровный») маловероятна, так как фамилия не имеет тюркского суффикса и не встречается в южных регионах. Более правдоподобно объяснение через русское диалектное слово.