Фамилия Трупаков происходит от прозвища Трупак, которое давали человеку в древнерусской среде. На первый взгляд, связь с покойником выглядит странно для имени, но у славян существовал целый пласт имён-оберегов, где неблагозвучные прозвища выполняли защитную функцию. Родители, надеясь уберечь сына от злых сил и смерти, могли наречь его Трупаком, чтобы обмануть нечистую силу, которая якобы не позарится на «мёртвого» ребёнка.

В мифологических представлениях славян труп, то есть покойник, был существом опасным, способным «водить» после смерти и несущим смертоносную силу. Однако образ умершего был двойственным: его представляли не только как угрозу, но и как странника, отправившегося в дальний путь, или переселенца, достигшего загробного мира и примкнувшего к сонму предков. Отсюда восточнославянские выражения об усопшем: «пошел до дому», «отошел», «собирается в далекую дорогу», а также «пошел до дедов», «отправился к праотцам», «с дедами гуляет». Называя ребёнка Трупаком, родители словно желали ему долгого жизненного пути, отождествляя его с тем, кто уже благополучно «дошёл» до иного мира и вернулся.

Само слово «трупак» в диалектах могло означать не только покойника, но и просто увальня, медлительного человека, что тоже могло стать основой прозвища. Впрочем, версия с охранительным именем выглядит правдоподобнее: подобные имена (например, Некрас, Неждан, Дурак) были широко распространены у славян как обереги от сглаза.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: Трупаков — это сын, потомок Трупака. Такую модель образования фамилий фиксируют ономасты, в том числе Б. Унбегаун в работе о русских фамилиях. Фамилия относится к типу патронимических, то есть образованных от личного прозвища отца.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где были сильны традиции прозвищных имён. Сведений о знаменитых носителях в открытых источниках нет, что типично для фамилий, возникших в крестьянской среде и не попавших в дворянские родословные книги.