Фамилия Тупаков образована от прозвища или нецерковного имени Тупак. В русских говорах слово «тупак» имело несколько значений. В первую очередь, это «тупой нож» или «тупой инструмент», а также «бестолковый, несообразительный человек». Однако не стоит торопиться с выводом о прямом указании на умственные способности предка. В народной среде прозвища часто давались «от противного» — как оберег, чтобы человек вырос смышленым, либо как ироничное прозвище за какую-то конкретную черту характера или поведения.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов присоединялся к основе на твердый согласный. Тупак + -ов = Тупаков. Такая форма указывает на принадлежность к роду: сын Тупака, потомок Тупака. Аналогично образованы фамилии Глушков, Немков, Дурнов — все от прозвищ, несущих не всегда лестную, но бытовую характеристику человека.

Встречается и другая, более редкая версия: в некоторых диалектах «тупак» называли вид рыбы (например, бычка или подкаменщика). Тогда прозвище мог получить рыбак или человек, внешне напоминавший эту рыбу — скажем, с широкой головой и большим ртом. Однако эта версия менее распространена, чем основная, и поддерживается только в узких региональных исследованиях.

В современной России фамилия Тупаков встречается нечасто, но не является исчезающей. Больше всего носителей зафиксировано в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть на территории бывшего Русского Севера, где сохранились древние прозвищные фамилии. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы с севера уходили в XVII-XVIII веках.

С точки зрения социальной истории, Тупаковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из той среды, где прозвище могло закрепиться за целым родом без всякой официальной записи, просто по деревенской прозвищной традиции. В документах XVI-XVII веков подобные фамилии уже встречаются в писцовых и переписных книгах, но конкретных упоминаний о Тупаковых в открытых исторических источниках мало — фамилия оставалась на уровне местного бытования.