Фамилия Цикуненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сыновства» или принадлежности к роду. В буквальном смысле Цикуненко означает «маленький Цикун» или «сын Цикуна». Такие фамилии закрепились прежде всего в среде казацкой старшины, мещан и крестьян Левобережной и Слободской Украины, где суффикс -енко постепенно вытеснял русские -ов и -ин.

Основа фамилии — прозвище Цикун. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны два основных пути. Первый: от диалектного украинского слова «цикун» — так в некоторых говорах называли человека, который цыкает, то есть причмокивает или издаёт резкий свистящий звук (например, когда понукает лошадей). Прозвище могли дать за манеру говорить или за привычку цыкать зубом. Вторая версия связана с тюркскими языками: в крымскотатарском и турецком есть корень «çik» (выходить, выступать), от которого образованы прозвища вроде Чикун или Цикун — так могли называть пришлого человека, выходца с юга. Учитывая историю Запорожья и постоянные контакты с Крымом, тюркское влияние на украинскую ономастику не редкость, но для фамилии Цикуненко эта версия менее вероятна: суффикс -енко указывает на устойчивую славянскую среду, а не на недавнего тюркского переселенца.

Географически фамилия Цикуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. В XIX веке носители фамилии фиксируются в метрических книгах казачьих слобод и сёл, где реестровые казаки брали фамилии по прозвищам. Интересная деталь: в некоторых документах встречается вариант написания Цыкуненко — через «ы» и с одним «н». Такое написание отражает характерное для украинских говоров «иканье» (произношение «ы» как «и») и неустойчивость орфографии в дореволюционных записях.

Сословно Цикуненко — типичная фамилия казацкого или крестьянского корня. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано, а значит, её носители в большинстве относились к податным сословиям — казакам, государственным крестьянам или мещанам. В XX веке фамилия распространилась по всей Украине и России, но остаётся сравнительно редкой: по данным современных телефонных справочников, наибольшая концентрация Цикуненко — в Днепропетровской и Запорожской областях.