Фамилия Циплухина — яркий пример «макаронической» модели, где славянский суффикс -ин наращивается на основу, которая не является типично русской. В данном случае основа, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «ципать» или «цыпать» — щипать, отрывать мелкими кусочками. В южнорусских и украинских говорах «циплуха» или «цыплуха» — это не просто действие, а орудие труда: деревянная лопатка, которой треплют лен или коноплю, отделяя волокно от костры. Прозвище Циплуха могли дать либо мастеру по обработке льна, либо человеку с характерной манерой речи или движений — быстрому, «щиплющему».

Форма Циплухин (а фамилия Циплухина — женский вариант) образована по продуктивной модели: прозвище на -уха (ср. Говоруха, Вислоуха) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей?» — сын Циплухи. Эта модель характерна для севернорусских и центральных областей, где фамилии на -ин, особенно от прозвищ с экспрессивными суффиксами, встречались чаще, чем на юге. В то же время сама основа «цип-» с начальным «ц» (а не «ч») выдает южнорусское или украинское произношение — так называемое «цоканье» или замена «ч» на «ц» в некоторых говорах.

Двойственная география — южный корень при северном типе фамилии — наводит на мысль, что фамилия могла оформиться в районах активного переселения, например, в слободах Черноземья или Поволжья, куда сходились потоки из разных диалектных зон. Встречается вариант Цыплухин — с «ы» после «ц», что исторически более последовательно для русского письма до орфографической реформы.

Искать носителей фамилии стоит прежде всего в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибирь. Фамилия редкая, недворянская, явно крестьянского или ремесленного происхождения — ее носители были связаны с обработкой волокнистых культур, что в XIX веке было массовым, но локальным промыслом.