Фамилия Циприн — одна из тех, что хранят в себе географию и религиозную историю. Её основа — это, скорее всего, не имя и не прозвище, а топоним: название города или местности. Самое прямое и логичное объяснение — связь с островом Кипр. В древнерусской традиции и в церковной среде название этого острова звучало как «Ципр» или «Ципрь» (от греческого Κύπρος через церковнославянское посредство). Отсюда и пошло притяжательное прилагательное «Циприн» — «тот, кто с Кипра», «кипрский». Человек мог вернуться из паломничества или торговой поездки на Кипр, либо получить прозвище за какие-то черты, связывавшие его с этим местом (например, за привезённые товары или знание языка).

Модель образования фамилии — простая и типичная для русских фамилий: основа «Ципр-» плюс суффикс принадлежности «-ин». Такой суффикс обычно присоединялся к основам на -а, -я или к существительным мужского рода, обозначавшим лицо. В данном случае «Циприн» буквально значит «сын Ципра» или «человек из рода Ципра», где «Ципр» — это прозвище первого носителя. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён или прозвищ на согласный (Иван → Иванов), фамилии на -ин тяготеют к основам на мягкий или шипящий звук, что вполне соответствует «Ципр-» (в произношении мягкое «р»).

Существует и вторая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия — от нецерковного имени или прозвища Ципря. В северных и центральных русских говорах «ципря» (или «цыпря») могли называть цыплёнка, а в переносном смысле — маленького, суетливого человека. Однако эта версия слабее, потому что фамилия Циприн встречается не только в крестьянской среде, но и среди духовенства, где прозвища от «цыплёнка» были бы маловероятны. Зато «кипрское» происхождение хорошо ложится на факт: фамилия фиксируется в южных и центральных губерниях Российской империи, где было сильное влияние греческой диаспоры и церковных связей с Афоном и Кипром.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает первую версию. Существуют фамилии Ципров, Ципровский, Циприанов — все они так или иначе ведут к Кипру. Фамилия Циприн стоит в этом ряду как самая короткая и «обрусевшая», без книжного суффикса -овск- или греческого окончания -ианов. Это говорит о том, что её носитель, вероятно, не был знатным греком, а скорее русским человеком, получившим прозвище по месту бывания или по службе (например, приказчик, торговавший кипрскими винами, или монах, побывавший в кипрских монастырях). Сословно фамилия не привязана к дворянству — она встречается и среди мещан, и среди крестьян, и среди духовенства, что типично для «географических» прозвищ, которые давались по реальному опыту, а не по родословной.