Фамилия Цыгуняев образована от прозвища Цыгун. В русском языке суффикс -яев указывает на вариант написания, возникший под влиянием акающих говоров: вместо Цыгунев (от основы Цыгун) или Цыгуняев — с ударным суффиксом. Такая модель встречается нечасто: обычно фамилии на -яев (как Алексеев, Тимофеев) происходят от полных форм имён, но здесь основа — прозвище, а не имя.

Само слово «цыгун» — тюркского происхождения. В диалектах Средней Азии и Поволжья так называли цыгана или бродягу. В русских говорах слово закрепилось с оттенком пренебрежения: «цыган», «плут», «ловкач». Встречается в формах «цыган», «цыгун», «цыгуня» — последняя, уменьшительная, и легла в основу фамилии. То есть Цыгуняев — буквально «сын Цыгуни», потомок человека, которого прозвали Цыгун или Цыгуня.

География фамилии узкая. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Пензенская и Тамбовская губернии в XIX веке. Это совпадает с районами расселения цыганских таборов и мест, где тюркские заимствования были привычны. Встречаются варианты написания через «а» — Цагуняев, но они единичны и, скорее всего, результат ошибки писаря.

Родственные фамилии — Цыганов, Цыганков, Цыгунов — встречаются чаще, но Цыгуняев выделяется редким суффиксом. Если Цыганов образован стандартно (от «цыган» + -ов), то здесь мы видим двойное суффиксальное наращение: сначала уменьшительное -ун/-унь (Цыгунь → Цыгуня), затем притяжательный -ев. Такая цепочка говорит о том, что прозвище было не просто уличным, а закрепилось в быту как семейное.

Социальный статус первых носителей — скорее всего, крестьяне или однодворцы. В списках однодворцев Тамбовской губернии за 1782 год упоминаются Цыгуняевы, и это подтверждает, что фамилия сложилась не в дворянской среде, а в среде государственных крестьян, живших на южных рубежах России.