Фамилия Цынина — женская форма, мужской вариант Цынин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин, который указывал на принадлежность. Цынин — это буквально «чей?» — сын Цыни, человек из рода Цыни. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Цыня.

Слово «цыня» в русских говорах неоднозначно. В одних диалектах так называли цыплёнка, в других — ласковое обращение к ребёнку (от «цыпа-цыпа»). Но есть и более серьёзная версия: Цыня могло быть производной формой от крестильного имени Цыфирий (Сифирий) или от канонического имени Сисой, которое в народной речи нередко превращалось в Цысой, а затем в Цыня. Встречается и связь с тюркскими корнями, где «цын» означало «тихий», «спокойный». Для центральной России и Поволжья, где фамилия встречается чаще, наиболее правдоподобно происхождение от местного прозвища по поведению или внешности.

Фамилия Цынин (и Цынина) фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем в Вятском крае и на Урале. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных имён, фамилии на -ин нередко уходили корнями в прозвища или уменьшительные формы. Поэтому предки современных Цыниных — скорее всего, не бояре и не дворяне, а крестьяне или ремесленники, прозванные за какую-то заметную черту: может, за маленький рост или тихий нрав, а может, за любовь к цыплятам.

Сейчас фамилия встречается нечасто, но не является исчезающей. Её носители живут в основном в европейской части России, особенно в Нижегородской и Кировской областях. В написании путаницы почти не бывает: вариант «Цынина» устойчив, и ударение в ней, как правило, падает на первый слог.