Фамилия Цинина — женская форма, а её мужской вариант, Цинин, образован по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы на -а или -я добавляется суффикс -ин. Вопрос, от какого именно слова пошла основа. Тут возможны два пути, и оба ведут к прозвищу или имени, но с разной смысловой нагрузкой.

Первый и самый очевидный вариант — отчество от прозвища Цина. В русских говорах «цина» — это диалектное произношение слова «цена». Прозвище Цена (или Цина) могли дать торгашу, прижимистому человеку, тому, кто умел торговаться или, наоборот, слыл скрягой. Второй вариант: Цина — это сокращённая, домашняя форма крестильного имени, например, от Ксения (в народной речи Ксения нередко звучала как Сеня, а Цина — один из вариантов произношения) или от редкого имени Цецилий. В пользу этой версии говорит то, что многие русские фамилии на -ин образованы от женских имён: Маринин, Татьянин, Акулинин. Если предка звали Цина (домашнее имя женщины, например, Ксении), то её дети получали фамилию Цинины.

Интересна география фамилии. Цинины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Костромской областях. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой: именно в этих краях слово «цина» в значении «цена» было в ходу. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где патроним (отчество) ещё не превратился в наследственную фамилию окончательно, то есть не позднее XVII–XVIII веков, и закрепилась за крестьянским или посадским сословием.

Другие версии — от слова «цинга» (болезнь) или от названия растения «циния» — выглядят натянутыми. Прозвище Цинга давали больному человеку, но вряд ли оно стало бы настолько распространённым, чтобы породить фамилию, а цветок циния попал в Россию только в XIX веке, когда фамилии уже давно были закреплены. Так что наиболее вероятно: предок носителя фамилии Цинин был либо человеком с «дорогой» ценой (в переносном смысле — торгаш или скупой), либо, что мягче, сыном или дочерью женщины по имени Цина (Ксения).