Фамилия Цыцин — редкий случай, когда корень слова вызывает споры, а географическая привязка почти полностью отсутствует. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я (Петин, Мишин), здесь основа неочевидна.

Самая вероятная версия: фамилия произошла от прозвища Цыца или Цыц. В русских говорах «цыц» — междометие, означающее «тихо!», «молчать!», «ни слова!». Так могли прозвать молчаливого, неразговорчивого человека либо, наоборот, того, кто постоянно одёргивал других и требовал тишины. Прозвище закрепилось за родоначальником, а его потомки получили фамилию Цыцины (позже форма упростилась до Цыцин). Суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Цыцин, то есть сын или потомок Цыцы.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «цыца» — так в некоторых областях называли цыплёнка или маленькую птичку. В этом случае прозвище могло относиться к невысокому, щуплому человеку или к тому, кто суетился, «пищал». Однако эта версия слабее: слово «цыца» в значении «птица» встречается редко и локально, тогда как междометие «цыц» общепонятно и активно использовалось в бытовой речи.

Словообразовательная модель фамилии необычна тем, что основа — служебная часть речи (междометие), а не имя или название профессии. В русской ономастике такие случаи единичны и всегда указывают на яркое, запоминающееся прозвище. По сословному составу Цыцины, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы.

Известных носителей фамилии в истории почти нет, что подтверждает её редкость и локальный характер. Если искать однокоренные варианты, то ближе всего фамилия Цыц — без суффикса, сохранившая исходное прозвище. Цыцин — более поздняя, «офамиленная» форма, которая закрепилась за счёт патронимического суффикса.