Фамилия Тугутов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа здесь явно не церковнославянская. Самый правдоподобный корень — тюркское или монгольское слово «тугут» или близкое к нему. В тюркских языках «туг» — знамя, бунчук (воинский штандарт из конского хвоста). Соответственно, «тугут» могло означать «знаменосец» или «относящийся к знамени». Для кочевых народов Центральной Азии и Южной Сибири это была уважаемая военная должность: знаменосец нёс родовое или полковое знамя, и его роль была заметной в бою и в походе. Таким образом, фамилия Тугутов могла изначально быть прозвищем или родовым именем бурята, тувинца, хакаса или алтайца, которое при переходе в русскую фамилию получило стандартный суффикс -ов. Говорить о том, что предок обязательно был знаменосцем, было бы смело, но связь с военной или родовой символикой — основная рабочая версия.

Менее вероятная, но допустимая версия — от личного имени Тугут. В ряде тюркских языков есть имена, образованные от слов со значением «полный», «сытый», «обильный» (ср. монгольское «тугэл» — изобилие). В этом случае фамилия означала бы «потомок Тугута», а само имя могло даваться как пожелание достатка. Однако эта версия слабее: в ономастических справочниках (например, у Никонова или Унбегауна) нет устойчивой фиксации такого имени, в то время как военная терминология для кочевых фамилий — типичный источник.

Географически фамилия Тугутов с высокой вероятностью тяготеет к Бурятии, Забайкалью или Туве. В этих регионах нередко встречаются фамилии на -ут, которые являются бурятскими или монгольскими родовыми окончаниями (ср. Халтурин, Батурин, Галсанов). Если же носитель фамилии — русский из центральной России, это почти наверняка случай позднего заимствования: например, ссыльный бурят или калмык, чья фамилия закрепилась в документах XIX века.

С точки зрения словообразования, фамилия Тугутов стоит в ряду таких же «знаменных» фамилий, как Бунчуков (от «бунчук» — знамя у запорожских казаков), или Знаменский (семинарская фамилия, от иконы «Знамение»). Но если Знаменский — искусственная фамилия для духовенства, то Тугутов — живая, народная, идущая от прозвища, которое в своё время было не просто кличкой, а указанием на роль в обществе.