Фамилия Туникин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Туникин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Туника. Основа здесь неочевидна, и это делает фамилию интересной для разбора.

Самое прямое объяснение — прозвище Туника, связанное с одеждой. Туника — древняя рубаха, в XIX веке слово могло бытовать в народной среде как название простой, длинной или необычной одежды. Прозвище могли дать человеку, который носил такую одежду, шил её или торговал ею. Однако это не единственная версия.

В русских говорах слово «туник» или «туника» могло иметь и другие значения. Например, в некоторых диалектах так называли короткую верхнюю одежду, безрукавку или даже вид пояса. Есть и более редкая версия: Туник — это вариант имени или фамилии Тихон (через форму Туня, Туника). В таком случае Туникин — потомок Туники, а Туника — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Тихон (греч. «счастливый»). Такие сокращения были типичны для русской деревни: Тихон превращался в Тишу, Тиня, а затем и в Туня.

С точки зрения географии, фамилия Туникин встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим Тульской, Рязанской и Воронежской губерниям. Это косвенно подтверждает её диалектное происхождение: именно в этих краях слово «туник» фиксируется как название крестьянской одежды.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Туников, Туничкин, Туняев — показывает, что основа Туник- была живой и дала несколько вариантов. Туникин — самый частый из них, что говорит о том, что прозвище или имя Туника было достаточно употребительным. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как фамилии на -ин в этой среде образовывались от бытовых прозвищ и имён без участия дворянской геральдики.

Таким образом, перед нами типичная русская фамилия, корни которой уходят либо в мир вещей (прозвище по одежде), либо в мир имён (производное от Тихона). Обе версии имеют право на существование, но первая — «одежная» — более прозрачна и не требует дополнительных фонетических допущений.