Фамилия Тютюникова — женская форма мужской фамилии Тютюников. Её основа восходит к прозвищу или имени Тютюник, которое образовано от слова «тютюн» — так в южнорусских и украинских говорах называли табак, махорку. В словаре Владимира Даля «тютюн» зафиксирован именно как «табак низшего сорта, махорка». Прозвище Тютюник могли дать курильщику, торговцу табаком или человеку, который его выращивал.

Суффикс -ик в основе Тютюник указывает на лицо по действию или свойству: аналогично «сапожник» (кто шьёт сапоги) или «рыбник» (кто торгует рыбой). Тютюник — это «тот, кто имеет дело с тютюном». Далее к этой основе добавился патронимический суффикс -ов, типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён: Тютюников — «сын Тютюника». Женская форма Тютюникова, соответственно, означает «дочь или жена Тютюникова».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине — регионам, где было распространено табаководство и где слово «тютюн» было бытовым. Встречается она и в центральных областях, но реже. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки — всё зависело от того, кто получил прозвище.

Интересная деталь: у фамилии есть однокоренные «родственники» — Тютюнников, Тютюнник, а также украинская форма Тютюнник (без суффикса -ов). В русской среде закрепился именно вариант с -ов, как более типичный для фамилий на -ик. Если сравнивать с более редкой фамилией Тютюнников, то Тютюников — её менее распространённая, но тоже встречающаяся разновидность.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась в разных написаниях: Тютюниковъ, иногда с одной «н» — Тютюников, что связано с народной этимологией и путаницей суффиксов. После реформы орфографии 1918 года написание закрепилось в современном виде.