Фамилия Усакова — женская форма фамилии Усаков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище Усак, которое образовано от слова «ус» с помощью суффикса -ак. В русских говорах этот суффикс часто придавал слову уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок, а также указывал на характерную черту человека. Таким образом, Усак — это человек с заметными, возможно, длинными или пышными усами. Прозвища по внешним приметам — один из древнейших пластов русских фамилий, и усы как яркая деталь мужской внешности давали начало многим однокоренным фамилиям: Усов, Усатый, Усачёв.

Словообразовательная модель проста: к основе Усак- добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Усака). В итоге Усаков — это потомок человека по прозвищу Усак. Фамилия Усакова, соответственно, означает «дочь или жена Усакова».

Интересно, что в отличие от более распространённой фамилии Усов, где основа — просто «ус», вариант Усаков встречается реже. Это может говорить о более узком ареале бытования: такие фамилии с суффиксом -ак чаще фиксировались в северных и северо-восточных русских землях, в частности, в Вологодской, Архангельской, Вятской губерниях. Там прозвищные формы на -ак (Вожак, Рыжак, Гуляка) были особенно характерны.

Есть и менее вероятная, но допустимая версия: в некоторых диалектах «усак» могло означать не только человека с усами, но и, например, вид насекомого (усач) или даже прозвище задиры (от «усадить» в смысле «ударить»). Однако первая версия — по внешнему признаку — остаётся основной и самой логичной. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским: прозвища такого типа редко встречались у дворянства, которое чаще брало фамилии от географических названий или имён родоначальника.