Фамилия Усанкин — редкий случай в русской ономастике: её основа восходит не к имени отца, а к прозвищу матери. Обычно фамилию образовывали от имени родоначальника-мужчины, но здесь за основу взяли женское прозвище Усанка. Так в старину называли жену человека по прозвищу Усан. Подобные «материнские» фамилии немногочисленны, и каждая из них — отдельная история, часто связанная с вдовством или особым положением женщины в семье.

Само прозвище Усан, от которого всё пошло, скорее всего, описывало внешность: так могли прозвать обладателя длинных и пышных усов. В исторических документах встречаются похожие именования. Например, С. Б. Веселовский в своих работах упоминает Ивана Федоровича Уса Товаркова, боярина 1471–1484 годов, а также Якова Усанова, казнённого в 1570 году. Эти примеры показывают, что прозвища с корнем «ус» бытовали в разных слоях общества — от бояр до людей, попавших в опалу.

Существует и альтернативная версия, выводящая прозвище Усан из тюркских языков. Согласно ей, оно складывается из двух слов: us — «разум» и an — «рассудок». Дословный перевод тогда звучит как «вдвойне разумный». Гипотеза любопытная, но менее убедительная: для русских прозвищ гораздо естественнее опора на внешний признак, тем более что целое гнездо однокоренных фамилий — Усовы, Усачёвы, Усатовы — явно связано с усами, а не с абстрактным понятием.

Суффикс -кин в фамилии Усанкин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Усанкин, то есть сын или дочь Усанки. Со временем форма закрепилась за потомками, и прозвище превратилось в наследственное родовое имя. О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, и письменные свидетельства часто утрачены. Однако сам факт, что фамилия сохранилась, делает её памятником живой народной традиции именования — той, что фиксировала не родословную, а меткую бытовую характеристику человека.