Фамилия Усанкина образована от прозвища или имени Усанка. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев (Усанов), здесь использован уменьшительно-ласкательный суффикс -к(а), характерный для северных и северо-восточных русских говоров. Основа — «ус» или «усач». Прозвище Усан, Усанка давали человеку с заметными, большими или необычной формы усами. В крестьянской среде, где мужчины часто носили усы и бороду, такое прозвище выделяло обладателя среди односельчан.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Усанкина — «дочь или жена Усанки». То есть исходно это была женская форма фамилии, но в современном русском языке она закрепилась как фамилия для женщин, а мужская форма — Усанкин.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской, Кировской областям и Пермскому краю — регионам, где активно использовались формы на -к(а) в прозвищах. Встречаются и варианты написания: Усанкин, реже Усанкины. В дореволюционных переписях носители фамилии — преимущественно черносошные (государственные) крестьяне и ремесленники.

Если рассматривать более редкую версию, Усанка могло быть не прозвищем, а производным от имени Ус — краткой формы от канонического имени Устин (Юстин) или даже от языческого имени Ус, но это менее вероятно: прозвищная основа «ус» в русской ономастике встречается гораздо чаще и имеет прямую бытовую мотивировку.