Фамилия Усанкин образована не от мужского имени, а от женского прозвища Усанка. Так в старину могли называть жену человека по прозвищу Усан. Подобные «матринимы» (фамилии от имени матери) немногочисленны: традиционно за основу брали имя отца как родоначальника и главы семьи. Поэтому Усанкины — редкий пример того, как родословная пошла по женской линии.

Само прозвище Усан, от которого пошла Усанка, скорее всего, указывало на внешность. Усаном называли обладателя длинных и пышных усов. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются Иван Федорович Ус Товарков, боярин 1471—1484 годов, и Яков Усанов, казненный в 1570 году. Эти примеры показывают, что прозвища с корнем «ус» бытовали в разных слоях общества — от бояр до опальных дворян.

Существует и другая, менее правдоподобная гипотеза о турецких корнях прозвища. Согласно ей, Усан восходит к двум тюркским словам: us — «разум» и an — «рассудок», что в сумме давало бы значение «вдвойне разумный». Однако эта версия слабее: для русской ономастики гораздо естественнее объяснять прозвище через внешний признак, чем искать сложные заимствования, тем более что форма Усан легко выводится из русского слова «ус» с уменьшительным суффиксом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -кин указывает на принадлежность. Усанкин — буквально «сын Усанки» или «из семьи Усанки». Суффикс -к- в прозвище жены добавлял оттенок ласкательности или, наоборот, подчеркивал ее связь с мужем. Так потомок человека, которого в округе знали как Усанку, со временем получил фамилию Усанкин.