Фамилия Усаньковы образована от прозвища Усанька, которое, в свою очередь, связано со словом «ус» или «усач». В русских говорах «усанька» — ласкательное или уменьшительное прозвище для человека с заметными, пышными усами. Такие прозвища были распространены в крестьянской и посадской среде, где внешние приметы — борода, усы, рост — служили главным способом отличить одного человека от другого в условиях, когда фамилий ещё не существовало.

Модель образования проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий XVI–XVII веков. Усаньков — буквально «сын Усаньки» или «из семьи Усаньки». Суффикс -к- в основе прозвища (Усанька) говорит о том, что прозвище было разговорным, домашним, а не официальным. Это типично для северных и центральных регионов России, где активно использовались уменьшительные формы личных имён и прозвищ.

В отличие от фамилий Усачёв или Усатов, где корень «ус» дан в более грубой форме, Усаньковы несут оттенок ласкательности. Это могло означать, что прозвище дали молодому парню или человеку с аккуратными, небольшими усами. В ономастике такие пары — Усач и Усанька — встречаются нередко и показывают, насколько детально народ различал оттенки внешности.

Географически фамилия редкая, её ядро — южные и центральные области России, особенно воронежские и тамбовские земли, где диалектное слово «усанька» зафиксировано в говорах. В дореволюционных переписях Усаньковы встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев — сословия, которое держало землю, но не было крепостным. Это даёт основание предположить, что предки носителя фамилии были свободными землепашцами, а не дворянами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится.

Спорных версий происхождения у фамилии почти нет: корень прозрачен, а суффикс типичен. Единственный нюанс — возможная связь с диалектным «усан» (так в некоторых говорах называли пьяницу, от «усатый» как синоним «хмельной»), но эта версия слабее, так как «усанька» фонетически ближе к ласкательной форме, чем к бранной. В любом случае, основа — внешний признак, что для русских прозвищ XVII века абсолютно нормально.