Скорее всего, Устюша — это одна из форм мужского имени Юстин (из латинского имени Юстинус, в основе которого лежит слово «justus» - «справедливый»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Устюшенков образована от прозвища Устюша (от украинского «устя» - «устье»). Возможно, основатель рода Устюшенковых жил возле устья реки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Устюша, со временем получил фамилию Устюшенков.