Фамилия Устюшенков происходит от имени собственного, а точнее — от уменьшительной формы Устюша. Это одна из народных форм крестильного имени Устин, которое восходит к латинскому Юстин (Justinus). В основе латинского имени лежит слово «justus» — «справедливый», так что в переводе на русский смысл имени можно передать как «сын справедливого» или просто «справедливый». Уменьшительные формы вроде Устюша, Устя, Устинка были обычны в крестьянской и посадской среде, где полное церковное имя в быту почти не использовали.

Суффикс -енков указывает на отчество второго порядка: сначала от имени Устюша образовали отчество Устюшенок («сын Устюши»), а уже от него — фамилию Устюшенков, то есть «потомок Устюшенка». Такая модель с суффиксом -енков/-онков характерна для южнорусских и украинских земель, откуда она распространилась на восток, в том числе в Поволжье и Приуралье. Поэтому можно предположить, что предки Устюшенковых жили в зоне влияния украинской ономастической традиции или переселились оттуда.

Существует и вторая версия, менее убедительная: связь прозвища Устюша с украинским словом «устя» — «устье». В этом случае основатель рода мог жить при впадении реки в другую реку или озеро. Но против этой гипотезы говорит то, что прозвища от нарицательных слов обычно сохраняют исходную форму без дополнительного уменьшительного суффикса, а Устюша — типично именная форма. К тому же имя Устин в старину встречалось часто, тогда как прозвище по устью реки было бы единичным и вряд ли дало бы целый род. Поэтому версия с именем выглядит предпочтительнее.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: массовое закрепление фамилий у крестьянства шло в XVII–XIX веках, и Устюшенковы могли оформиться в разных регионах независимо друг от друга. Не исключено, что часть носителей фамилии происходит не от одного общего предка, а от нескольких разных Устюш, живших в разных местах. Это обычная ситуация для фамилий, образованных от популярных имён.

Сама фамилия Устюшенков — живой след того, как церковное имя, пройдя через народную речь и отчество, превратилось в родовое прозвание. За этой цепочкой стоит и история языка, и особенности расселения славян, и бытовая культура имени.