Фамилия Устишенкова — женская форма мужской фамилии Устишенков, и её разбор лучше начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт редкость и региональную привязку. Суффикс -енк- в русских фамилиях — это украинский след: в Малороссии и на южных окраинах России так образовывали патронимы (сын такого-то). В отличие от привычного -ов/-ев или -ин, -енко оставалось почти без изменений при русификации, а -енков — это уже попытка адаптировать украинскую модель под великорусскую норму. Устишенков — как раз такой гибрид: основа украинская, а окончание русское.

Корень фамилии — имя Устиш, которое является просторечной, уменьшительной формой от канонического имени Устин (или Иустин). Имя это восходит к латинскому Justinus — «справедливый, праведный», и в святцах оно было нередким, но в народе его часто переделывали: Устин, Устим, а от них — Устиш, Устя, Устинька. Форма Устишенко — это «сын Устиша», а Устишенков — уже фамилия, закреплённая за потомками такого человека. Фамилия редкая, и её география говорит сама за себя: большинство носителей встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях — как раз на стыке великорусских и малорусских земель, где такие гибридные патронимы были в ходу.

По сословному происхождению сказать что-то определённое сложно: фамилия могла возникнуть и у крестьян, и у однодворцев (особенно в Курской губернии, где однодворцы составляли заметную прослойку). Однодворцы — это потомки служилых людей по прибору, которые позже оказались в положении лично свободных крестьян, и у них часто встречались фамилии с «украинским» суффиксом, но в русском оформлении. В любом случае, предок носителя этой фамилии был человеком по имени Устиш — вероятно, незнатным, но с именем, которое несло значение «справедливый».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Устишенков стоит особняком: Устинов, Устименко, Устимчук — все они образованы от тех же основ, но с разными суффиксами. Устишенков — самая редкая из этой группы, и её написание с двумя «н» (в суффиксе -енков) не случайно: это не грамматическая ошибка, а устойчивая модель, характерная для южных говоров, где звук «н» в таких фамилиях удваивался под влиянием украинской произносительной нормы.