Фамилия Устюжаннинова — одна из тех, что рассказывает о географии предков точнее, чем иной исторический документ. В её основе лежит не имя и не прозвище, а топоним — название города Великий Устюг. Это древнерусское поселение на севере, в современной Вологодской области, известное с XIII века. Жителя Устюга в старину называли устюжанином, а во множественном числе — устюжане. От этого слова и образовалась фамилия.

Модель образования здесь нестандартная. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: Устюжаннинов — буквально «сын устюжанина». Но двойное -нн- в середине — не опечатка и не случайность. Оно возникло на стыке корня (устюжан-) и суффикса (-ин). Такое удвоение встречается в фамилиях, образованных от названий жителей на -анин/-янин: сравните с формой «рижанин — Рижанинов». В разговорной речи фамилию могли произносить как Устюжанинов, но в документах закрепился полный вариант с двумя «н».

Фамилия указывает не просто на место рождения, а на происхождение рода. Предок носителя — не кто-то, кто однажды побывал в Устюге, а человек, который оттуда вышел и осел на новом месте. В XVI–XVII веках, когда шло активное заселение Сибири и южных окраин, выходцы из северных городов часто получали прозвания по родному городу. Так устюжане становились Устюжаниновыми, а их потомки — Устюжанниновыми.

Вероятно, основатель рода был посадским человеком или крестьянином, но мог быть и купцом: Великий Устюг — крупный торговый центр, через который шёл путь на Урал и в Сибирь. Фамилия редкая, сосредоточена в основном в северных и центральных областях России, а также в регионах, куда устюжане переселялись — на Урале и в Сибири.

Стоит отличать её от похожих фамилий: Устюгов, Устюжанин, Устюжский. Устюжаннинова — самая громоздкая из них, но именно она точнее всего сохраняет связь с древним прозванием жителя Великого Устюга.