Фамилия Устюжанина восходит к названию города Устюжны (или Великого Устюга), который находится в Вологодской области. Само название топонима связано с тем, что город располагается «в устье реки Юг». Скорее всего, предок обладателя этой фамилии был жителем этого города, за что и получил прозвище Устюжанин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Устюжанин, со временем получил фамилию Устюжанина.