Фамилия Вагабовы образована от мужского тюркского имени Вагап, или Вагаб. В основе лежит арабский корень со значением «дающий всё, одаривающий всем» — один из эпитетов Всевышнего в исламе (аль-Ваххаб). Родители, называя так сына, желали ему вырасти щедрым и милосердным человеком, достойным мусульманином.

По словообразовательной модели это типичная патронимическая фамилия: к основе Вагаб- добавили русский суффикс принадлежности -ов, который указывает на потомка человека по имени Вагаб. В тюркской среде, откуда фамилия пошла, суффикс -ов закрепился через русское делопроизводство в XV–XVII веках, когда носителей тюркских имён начали фиксировать в документах Московского царства.

Корни фамилии ведут к выходцам из Золотой Орды — печенегам, половцам или более поздним тюркским группам. В те века многие служилые люди восточного происхождения вливались в русское дворянство, и их имена ложились в основу родовых прозваний. Поэтому фамилия Вагабовы — не случайный пришлый элемент, а часть длительного процесса взаимодействия культур: арабское имя через тюркское посредничество попало в русскую антропонимию и закрепилось с русским окончанием.

Споров о происхождении почти нет: арабская этимология имени прозрачна, а суффикс -ов однозначно указывает на русскую адаптацию. Версия о связи с каким-либо славянским корнем несостоятельна — основа фамилии целиком восточная. Единственный нюанс: в некоторых тюркских языках имя могло звучать как Вахап, что отражалось в написании, но смысл оставался тем же.

Фамилия бытует преимущественно в регионах с тюркским и кавказским населением — в Дагестане, Татарстане, Башкортостане, а также среди азербайджанцев и чеченцев. Встречаются варианты Вагабов, Вагапова, а в единичных случаях — с усечением суффикса (Вагаб).