Фамилия Вагапова — одна из тех, что прямо указывает на имя предка. В её основе лежит мужское тюркское имя Вагап, которое, в свою очередь, восходит к арабскому корню со значением «дающий всё, одаривающий всем». В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха, и, нарекая сына Вагапом, родители вкладывали в имя пожелание стать щедрым, милосердным человеком и достойным мусульманином.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Вагап- добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Фамилия Вагапов (а Вагапова — её женская форма) — типичный пример того, как тюркские имена адаптировались в русской фамильной системе по принципу «чей будешь?»: сын Вагапа, потомок Вагапа.

Географически фамилия распространена в регионах традиционного бытования тюркских народов — в Татарстане, Башкортостане, среди казанских татар и башкир. Одним из самых известных носителей фамилии остаётся Рашид Вагапович Вагапов (1908–1957), певец с лирическим тенором, удостоенный звания народного артиста ТАССР. Его сценическая судьба — яркое подтверждение тому, что фамилия, означающая «щедрый», стала знаком творческой щедрости.

Точное время возникновения конкретного рода Вагаповых устанавливается только через генеалогические изыскания: массово фамилии у татар и башкир закреплялись в XIX — начале XX века, но отдельные линии могли оформиться и раньше.