Фамилия Вагабова — одна из тех, что рассказывает о семейной истории без лишних слов. Её основа — мужское тюркское имя Вагап (или Вагаб), которое восходит к арабскому корню. В переводе с арабского это имя означает «дающий всё, одаривающий всем» и считается одним из эпитетов Аллаха. Родители, называя так сына, вкладывали пожелание: чтобы он вырос достойным мусульманином, щедрым и милосердным человеком.

С точки зрения словообразования фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Вагаб- добавили русский суффикс -ов (в женском роде — -ова). Такой способ характерен для многих фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, где тюркские или арабские имена адаптировались под русскую грамматику. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Вагабова буквально значит «дочь (или жена) Вагаба». В мужском варианте фамилия звучит как Вагабов.

Интересно, что в разных регионах написание могло колебаться: встречаются варианты Вагапов, Вагабова, Вагапова. Это связано с особенностями произношения — в тюркских языках звуки «п» и «б» на конце слова иногда взаимозаменяемы. Однако исходная форма имени — именно Вагаб, поэтому фамилия Вагабова считается более точной с точки зрения арабского корня.

Процесс формирования фамилий у мусульманских народов России был длительным и неоднородным. В некоторых семьях фамилии закрепились только в XIX — начале XX века, когда начался массовый учёт населения. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Вагабовых можно лишь на основании генеалогических исследований, которые учитывают местные переписи и метрические книги.