Фамилия Вагабова образована от мужского тюркского имени Вагап (Вагаб), которое в переводе с арабского означает «дающий все, одаривающий всем», «один из эпитетов Аллаха». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать достойным мусульманином и щедрым, милосердным человеком. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Вагабовых можно лишь на основании генеалогических исследований.