Фамилия Вагабов происходит от мужского имени Вагап (Вагаб), которое имеет арабские корни и означает «дающий все, одаривающий всем». Это имя — одна из форм эпитета Аль-Ваххаб, одного из 99 имён Аллаха в исламе, что переводится как «Дарующий» или «Щедрый». Нарекая сына Вагапом, родители желали ему стать щедрым, милосердным человеком и достойным мусульманином.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий у народов Кавказа и Поволжья. Такая словообразовательная модель типична для фамилий, возникших в среде аварцев, кумыков, лезгин и других дагестанских народов, где имя Вагаб (Вагап) было распространено. Суффикс -ов здесь выполняет роль притяжательного окончания, буквально означая «сын Вагаба» или «принадлежащий Вагабу».

В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, фамилия Вагабов бытовала в среде горских народов, где фамилии нередко фиксировали родовую принадлежность. В Дагестане и Чечне носители этой фамилии могли принадлежать к определённому тухуму (роду), где имя основателя становилось родовым прозванием. Интересно, что в некоторых диалектах имя могло звучать как Вахаб, что дало начало параллельной фамилии Вахабов — обе формы сосуществуют в одном регионе.

С точки зрения ономастики, фамилия Вагабов — яркий пример того, как арабское имя через тюркское посредничество вошло в русскую фамильную систему. Подобный путь прошли фамилии Абдуллаев, Магомедов, Ибрагимов, где основа — имя пророка или эпитет Всевышнего. Однако Вагабов стоит особняком: в отличие от имён пророков, имя Вагап реже встречается, что делает фамилию менее распространённой, но более узнаваемой в среде её носителей.