Фамилия Вагушев образована по очень простой и распространённой модели: от прозвища или мирского имени с помощью патронимического суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Вагушев буквально значит «сын Вагуша». Основа здесь — Вагуш, и именно в ней скрыта главная загадка фамилии, которая не имеет однозначного и очевидного толкования.

Самая вероятная версия связывает корень «ваг-» с диалектным глаголом «вагать» или «вагаться», который в северных и сибирских говорах означал «колебаться», «качаться», «шататься». В таком случае прозвище Вагуш могли дать человеку нетвёрдого нрава, нерешительному или, напротив, тому, кто ходил вразвалку, мерно покачиваясь. Менее распространённое, но возможное значение того же корня — «валить», «опрокидывать», что могло относиться к сильному, грузному мужчине, который «вагает» тяжести. Суффикс -уш- в основе (Вагуш) носит уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, характерный для многих русских некалендарных имён (Матюш, Петруш, Гриш — от Матвей, Пётр, Григорий, но здесь он присоединён не к крестильному имени, а к прозвищу).

Версия о происхождении от крестильного имени слаба. Созвучных церковных имён нет, а попытки вывести Вагушева от Варфоломея (через формы Вахуш, Вагуш) выглядят натяжкой: для таких сокращений нет убедительных лингвистических параллелей в русской ономастике.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северным и волжским регионам. Встречается в архивных записях Вологодской и Костромской губерний, а также в Поволжье — это косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «вага» (вес, тяжесть, рычаг) и его производные были в обиходе. Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу отца в XVII–XVIII веках, когда шло массовое закрепление фамилий у непривилегированных сословий.

Таким образом, фамилия Вагушев — это редкий пример, когда за простой суффиксальной формой стоит диалектное прозвище, описывающее либо характер, либо физическую особенность человека. Никаких дворянских корней или связи с известными историческими родами у неё нет, что типично для фамилий, образованных от народных, некалендарных имён.