Фамилия Вагишев образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Вагиш. Чтобы понять, что стоит за этим прозвищем, нужно заглянуть в диалектную лексику.

В русских говорах, особенно вологодских и архангельских, слово «вага» означало «рычаг», «тяжесть», «вес», а также «коромысло весов». Человек по прозвищу Вага мог быть грузчиком, весовщиком на торгу или просто крепким, коренастым мужчиной. Суффикс -иш- в прозвище Вагиш — это характерный для северных и сибирских говоров увеличительный или пренебрежительный оттенок (ср. «домишко», «мужичишка»). Таким образом, Вагиш — это «маленький Вага» или, наоборот, «большущий, как вага», в зависимости от интонации. Фамилия Вагишев, следовательно, означает «сын Вагиша» или «потомок того, кого звали Вагиш».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где «вагиш» может восходить к арабскому «вагиш» — «суровый», «грозный». Однако для русской фамилии такая версия слаба: суффикс -ев однозначно указывает на русскую словообразовательную модель, а тюркские основы обычно дают фамилии с суффиксом -ов (например, Вагизов). Поэтому диалектное русское происхождение — основное.

Географически фамилия Вагишев редкая, её очаги, по данным современных телефонных справочников и архивных записей, тяготеют к северу Европейской России — Вологодской, Архангельской областям, а также к Уралу, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из тех же мест. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» не зафиксировано.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: оно, скорее всего, падает на второй слог — Ваги́шев, что типично для фамилий с суффиксом -иш- (ср. Кули́шев, Лапи́шев). Вариант с ударением на первый слог (Ва́гишев) встречается, но реже и может указывать на иную, более редкую диалектную основу.