Фамилия Ваинер — это скорее всего фонетический вариант более распространённой фамилии Вайнер (в немецком написании Wainer или Weiner). Разница в написании («аи» вместо «ай») могла возникнуть из-за особенностей записи фамилии в документах, где звук передавали по-русски не единообразно. В основе лежит немецкое прозвище, которое буквально переводится как «тележник» — мастер, делавший или чинивший телеги. Профессия эта была востребована в любой деревне, так что предок-носитель такого прозвища, скорее всего, был ремесленником, а не крестьянином.

Есть и другая версия: фамилия Вайнер могла быть вариантом фамилии Винер, то есть «житель Вены». В таком случае она указывала бы не на занятие, а на географическое происхождение — на то, что предок переехал из австрийской столицы или долго там жил.

Отдельно стоит рассмотреть еврейскую версию происхождения. На идише слово, звучащее как «вайнер», означало «виноторговец». Для еврейских фамилий, особенно возникших в черте оседлости, профессиональные прозвища (торговец вином, портной, сапожник) — одна из самых частых моделей. Если ваши предки были евреями, эта версия выглядит наиболее правдоподобной: виноторговля была распространённым занятием в местечках.

С точки зрения словообразования, суффикс -ер типичен для немецких и идишских фамилий, образованных от названия профессии или места. В русском языке такая модель не встречается, поэтому фамилия однозначно западноевропейского происхождения. Учитывая все три версии, можно уверенно сказать: корень фамилии — либо профессия (тележник или виноторговец), либо город (Вена). Выбор между ними зависит от того, в какой среде и в какой местности жили ваши предки.