Фамилия Ваканова — женская форма фамилии Ваканов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа «Вакан» в русской ономастике неоднозначна: она может восходить либо к личному имени, либо к прозвищу, либо к географическому названию, и в каждом случае история фамилии будет разной.

Самый прямой путь — от имени или прозвища. В старых русских говорах словом «вакан» могли называть человека, который «вакает» — то есть говорит невнятно, гнусаво или картаво (от звукоподражательного «ва-ва»). Такое прозвище давали тому, у кого была особенность речи. Сравните с фамилиями Гугунов, Мямлин, Шепеляев — все они образованы по той же модели: прозвище + суффикс -ов. Правдоподобность этой версии высока, потому что прозвища по дефектам речи — один из самых продуктивных источников русских фамилий.

Вторая версия — от крестильного имени. В святцах есть редкое имя Вакан (от лат. vacans — «свободный, праздный»). Это имя встречалось в среде духовенства, особенно в XVII–XVIII веках, когда семинаристам давали «говорящие» латинские имена. От имени Вакан фамилия Ваканов могла появиться у детей священника или дьячка. В этом случае фамилия — потомственная, а не прозвищная, и указывает на принадлежность к духовному сословию.

Третья, менее вероятная версия — топонимическая. В России есть несколько мелких населённых пунктов с названием Ваканово (например, в Тверской области). Выходец из такой деревни мог получить фамилию по месту жительства. Однако суффикс -ов указывает скорее на патроним (от имени отца или прозвища), чем на топоним, поэтому эта версия слабее.

Суффикс -ов в фамилии Ваканов — стандартный для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. Он указывает на принадлежность: «сын Вакана». В женской форме Ваканова сохраняется тот же суффикс, но с окончанием -а.

Географически фамилия Ваканов встречается нечасто, но заметна в центральных областях России — в Московской, Тверской, Ярославской губерниях. Встречается и у старообрядцев, что может быть дополнительным намёком на духовное происхождение (среди староверов латинские имена не приживались, так что для них актуальнее прозвищная версия).

Таким образом, скорее всего, Вакановы — потомки человека с нестандартной речью или, реже, выходцы из духовенства. Без архивных записей точнее сказать нельзя, но обе версии укладываются в типичные модели русских фамилий.