Фамилия Ваканья звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её корни уходят в романские языки. Скорее всего, это итальянизированная или испанизированная фамилия, имеющая географическую привязку. Основная версия — происхождение от топонима Vaglia (Ваканья) — коммуны в итальянской провинции Флоренция, в регионе Тоскана. В этом случае фамилия указывает на выходца из этого местечка: предок мог быть крестьянином или ремесленником, который переселился в другие земли, сохранив в фамилии название родного села. Такая модель образования фамилий типична для Италии, где фамилии на -я часто являются локативными.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с итальянским словом «vacca» (корова), от которого могло образоваться прозвище «vaccagno» — пастух или владелец скота. Однако суффикс -анья/-ания в итальянском чаще указывает на принадлежность к местности, чем на занятие, поэтому топонимическая гипотеза выглядит весомее.

В русском контексте фамилия Ваканья встречается редко. Она могла попасть в Россию через дворянские роды итальянского происхождения, приглашенных на службу в XVIII–XIX веках (архитекторы, музыканты, военные), или через более поздние миграционные волны. В написании сохранилась оригинальная итальянская форма без русификации (например, превращения в Ваканьев). Это говорит о том, что носители фамилии долго сохраняли связь с исходной культурой или фамилия была записана в документах «как есть» при переезде.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу выделяет её среди окружающих русских фамилий. Она стоит в чистой форме, без патронимического окончания, что характерно для многих западноевропейских фамилий, попавших в Россию. В ономастических справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) такие случаи описываются как иноязычные вкрапления, которые не подчиняются местным моделям образования.