Фамилию Ваканов чаще всего выводят из прозвища Вакан, которое могло возникнуть не от одного, а от двух совершенно разных корней. Самый прямой путь — от диалектного глагола «вакать» (кричать, издавать громкие звуки, а также плакать или звать). В псковских и тверских говорах «вакать» означало «мяукать», а «вакала» — плакса или человек с громким, неприятным голосом. В таком случае Ваканом могли прозвать крикливого младенца, любителя поспорить или просто обладателя зычного голоса.

Вторая версия связана с тюркскими языками и менее очевидна. Слово «вакан» (или «ваккан») в некоторых тюркских наречиях означало «время», «срок», а также «судьба». Прозвище могли дать человеку, родившемуся в знаменательный день, или тому, кто славился своей пунктуальностью. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов, а её ареал — преимущественно русские центральные области, а не регионы татаро-монгольского влияния.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Вакан, превратив прозвище в отчество. Буквально Ваканов — «сын Вакана». Фамилия встречается в основном в Поволжье и центральной России, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия не была массовой и возникла в разных местах независимо.

Стоит отличать Ваканова от похожей фамилии Вакалов. У неё другая основа: «вакала» (тот, кто вакает), и суффикс -ов там присоединился к форме с окончанием -а. Ваканов же образован от полной формы прозвища без такого окончания.

Сословная принадлежность предков неясна. Фамилия не встречается в списках дворянских родов и не привязана к известным профессиональным династиям. Скорее всего, первые Вакановы были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу уже после отмены крепостного права.