Фамилия Ваканина — редкий случай, когда окончание -ин не указывает на отчество от крестильного имени. Основа здесь — не «Вакан», а скорее «Ваканя» или «Вакана», что выводит нас за пределы церковного календаря. Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от глагола «вакать» — в старых говорах это означало «кричать», «громко плакать», «выть». В рязанских и владимирских диалектах «вакать» — это ещё и «мяукать», «издавать жалобные звуки». Человек, получивший такое прозвище, мог быть плаксивым, капризным или, наоборот, обладать громким, зычным голосом.

Суффикс -ин здесь работает по модели «чей?»: Ваканя → сын Вакани, то есть Ваканин. Женская форма Ваканина закрепилась в документах как фамилия, а не как отчество. Мужской вариант — Ваканин — встречается реже, но именно он первичен. Иногда фамилию путают с однокоренной Вакановой, но там суффикс -ов, что указывает на другую основу (Вакан, а не Ваканя).

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России — единичные записи встречаются в Тверской, Псковской и Вологодской губерниях. В XIX веке Ваканины числились в основном среди крестьян и мещан, фамилия не попала в дворянские родословные книги, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от тюркского имени Вакан (в значении «время», «пора»). Но она слаба — фамилия не встречается в татарских или башкирских родах, а диалектный глагол «вакать» даёт более естественное объяснение для русского уха. Спор мог бы возникнуть, если бы фамилия была распространена на юге, но её ареал — север и центр России, где «ваканье» хорошо известно.

Таким образом, Ваканина — это «внучка» или «дочь» того самого Вакани, крикливого или плаксивого человека. Фамилия не потерялась в веках, но осталась локальной: по данным современных телефонных справочников, большинство носителей живут в Московской и Ленинградской областях, а также в Карелии.