Фамилия Вахлянина — женская форма, а мужская, Вахлянин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Вахлянин означает «сын Вахляни» или «человек из рода Вахляни». Основа здесь — «Вахляня», и именно в ней скрыта ключевая загадка фамилии.

Слово «Вахляня» звучит как ласкательная или уменьшительная форма. Скорее всего, её произвели от имени Вахляй, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Варфоломей. В народном произношении имя Варфоломей давало множество сокращений: Вахрамей, Вахруша, Вахляй. Переход «р» в «х» — типичная черта северных и вологодских говоров, где «Варфоломей» превращалось в «Вахромей», а затем и в «Вахляй». Таким образом, Вахляня — это «маленький Вахляй», то есть ребёнок или младший родственник мужчины с таким прозвищем. Фамилия, значит, ведёт родословную от человека, которого в быту звали Вахляней — уменьшительно от Вахлая (Варфоломея).

Есть и другая, менее вероятная версия, которая отталкивается от диалектного глагола «вахлять» — делать что-то медленно, неуклюже или небрежно. В некоторых говорах «вахля» — это вялый, нерасторопный человек. Прозвище Вахля, а затем и Вахляня, могло закрепиться за таким человеком. Однако эта гипотеза слабее, потому что в основе русских фамилий чаще лежат календарные имена, нежели случайные бытовые прозвища с негативным оттенком. К тому же форма на -яня характерна именно для производных от личных имён.

Вахлянины — фамилия, которая встречается редко. Основной очаг её бытования — Вологодская область и прилегающие территории Русского Севера. Это не случайно: именно там сохранилась архаичная система словообразования и народные формы церковных имён. В переписных книгах XVII века на Вологодчине можно найти крестьян и посадских людей с именем Вахляй или Вахляня, что подтверждает северное происхождение фамилии. Вахлянины, вероятно, были крестьянами или ремесленниками, жившими в деревнях, и фамилия передавалась по наследству как указание на предка по имени Вахляня.