Фамилия Вахнован — редкий пример того, как просторечное имя обрастает необычными суффиксами. В её основе лежит имя Вахня, которое, в свою очередь, является производной формой от Вани, то есть от канонического имени Иоанн (в переводе с древнееврейского — «милость Божья»). Такая цепочка Ваня → Вахня типична для северных и сибирских говоров, где звук «х» мог вставляться между гласными для благозвучия или как результат диалектного произношения.

Но главная особенность фамилии — её окончание. Суффикс -ан в русских фамилиях встречается редко и обычно указывает на украинское или белорусское влияние, либо на прозвищное происхождение (сравните: Горлан, Криван). В случае Вахнован модель такая: к основе Вахн- добавили суффикс -ан, а затем уже стандартный патронимический суффикс -ов. Буквально фамилию можно расшифровать как «сын Вахнана» или «потомок того, кого звали Вахнян». Такая двойная суффиксация — признак того, что прозвище или имя Вахнян закрепилось в качестве родового имени ещё до того, как оформилась фамилия.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где подобные модели словообразования встречаются чаще. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, а его личное имя Вахня (ласкательное от Иван) со временем превратилось в прозвище, а затем и в фамилию, передавшуюся по мужской линии.