Фамилия Вапайева ставит перед исследователем загадку: её основа неочевидна, а география бытования узка. Это редкая фамилия, и её разбор требует аккуратной работы с корнем.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -ев, присоединённый к основе Вапай. Суффикс -ев (как и -ов) указывает на принадлежность: «чей?» — Вапаев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Вапай. В женском роде — Вапайева.

Самая вероятная версия происхождения основы — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «вап» или «ваба» может быть связан со значением «отец», «предок» или с религиозными понятиями (от арабского «вафа» — верность, преданность). Форма Вапай — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный или уважительный вариант такого имени. В ономастике известны фамилии с похожей основой — Вапаев, Вафин, Вафиев, и все они тяготеют к регионам Поволжья и Урала, где сильны тюркские языковые традиции.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом. В некоторых говорах «вапа» означало «краска», «румяна» (от греческого «вапта» — краска). Тогда Вапай могло быть прозвищем человека, который красил ткани, был маляром или просто имел яркую внешность. Однако эта версия слабее, так как суффикс -ай в русских прозвищах встречается реже, чем в тюркских именах, и фамилия не фиксируется в центральных русских областях.

Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из небольшой группы людей, возможно, из одного села или рода. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир или других народов, исповедующих ислам, где имя Вапай (как вариант от Вафа) было в ходу. Точная география требует обращения к архивным данным, но логично искать корни в Татарстане, Башкортостане или соседних областях.

Таким образом, фамилия Вапайева с высокой долей вероятности восходит к тюркскому личному имени Вапай, которое значит «верный», «преданный», и указывает на восточное происхождение рода.