Фамилия Вапинский — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную, но без конкретной топонимической привязки. Суффикс -ский указывает на дворянскую или шляхетскую модель образования: так в XVI–XIX веках оформляли фамилии по названию поместья, усадьбы или местечка. Следовательно, предок носителя фамилии владел землёй или жил в населённом пункте с корнем «Вап-» — скорее всего, в западных или южных регионах бывшей Речи Посполитой или Малороссии.

Корень «вап» в славянских языках имеет два основных значения. Первое — «краска», «известь» (от праславянского *vapъ), отсюда «вапно» — известка, а «вапник» — штукатур или маляр. Второе — «пруд», «запруда» (диалектное украинское и белорусское). Если фамилия образована от прозвища Вапа (человек, который белил стены или работал с известью), то логичнее была бы форма Вапин или Вапов — но суффикс -ский здесь выглядит искусственным. Гораздо правдоподобнее, что Вапинский — это топонимическая фамилия от названия села Вапин (или Вапино), которых несколько на территории современной Украины и Польши. Например, село Вапин в Хмельницкой области или Вапин в Подкарпатском воеводстве Польши.

В польской ономастике фамилия Wapiński встречается, хоть и нечасто. Там она однозначно восходит к названию населённого пункта Wapin или Wapno. В русском контексте фамилия могла появиться после разделов Речи Посполитой, когда шляхтичи и мещане с западных земель входили в состав Российской империи, а их фамилии русифицировались в написании. Вариант с ударением на второй слог — Вапи́нский — более характерен для польской традиции, на первый — Ва́пинский — для русской.

Есть и третья, менее вероятная версия: фамилия могла быть искусственно создана в духовных училищах или семинариях. Семинаристам иногда давали фамилии по латинским или греческим корням, и «вапа» (лат. vapo — пар, испарение) могла бы лечь в основу, но для этого нет надёжных параллелей. В любом случае, фамилия Вапинский — не крестьянская, а скорее шляхетская или мещанская, и её носители, вероятно, происходят из западных губерний: Волынской, Подольской, Киевской или Гродненской.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной. Встретить её можно у русских, украинцев и белорусов, но чаще — у поляков. Поиск по архивам стоит начинать с метрических книг XIX века по православным и католическим приходам Волыни и Подолья.