Фамилия Ванинский происходит от имени Ваня — уменьшительной формы мужского имени Иван. Каноническая форма имени — Иоанн, в переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья». Фамилии с основой Иван- — одни из самых распространённых у русских: с XVI по XIX век имя Иван оставалось самым частым среди крестьянства, охватывая от 15 до 25% всех мужчин.

Словообразовательная модель Ванинский отличается от массовых фамилий на -ов и -ин. Суффикс -ский указывает на принадлежность к месту или владельцу: такую форму обычно получали дворянские фамилии по названию имения, а у простых людей — фамилии, образованные от прозвища или имени отца через притяжательное прилагательное. В случае Ванинского основа Ваня плюс суффикс -ин- дают притяжательную форму «Ванин» (чей? — Ванин сын), а затем добавление -ский превращает её в фамилию, характерную для польской и западнорусской традиции. Это редкий гибрид: модель «Ванин + ский» встречается нечасто, что делает фамилию уникальной на фоне однокоренных Ванин, Ваничев, Ваничкин.

Скорее всего, основатель рода Ванинских был человеком из простого сословия. Суффикс -ский в среде крестьян и мещан мог появиться под влиянием польской ономастики или как искусственное оформление фамилии при переписях. Однако процесс формирования фамилий был длительным, и окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ванинских можно лишь на основании глубоких генеалогических исследований. Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам России, а также к Беларуси — там модель на -ский особенно распространена.