Фамилия Ванинская — редкий пример, когда суффикс не просто указывает на принадлежность, а сразу выдаёт географию. Это типичная «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск-. В русской ономастике такой способ чаще всего говорил о том, что человек родом из места, которое в основе: Ванинское, Ванино или Ванинка. Первым носителем фамилии, скорее всего, был помещик, владевший таким селом, или его крестьянин, переехавший в другую местность и записанный по прежнему месту жительства.

Основа «Ванин» в названии — это притяжательное прилагательное от имени Ваня. Ваня — уменьшительная форма от Иван, самого распространённого имени на Руси. Так что корень у фамилии простой и народный: Иван через цепочку Ваня → Ванино → Ванинский. В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые образуются напрямую от имени отца (Ванин — сын Вани), модель на -ский закрепляла не родство, а территорию.

Встречается фамилия в двух основных вариантах ударения: Ва́нинская (с ударением на первый слог, как и в названии села) и Вани́нская (с ударением на второй слог, под влиянием фамилии Ванин). Первый вариант считается исторически более точным, но второй распространён из-за привычного звучания. В дореволюционных документах можно найти написание через «о» — Ванинское, что подтверждает происхождение от названия села, а не от фамилии Ванин.

По сословному составу фамилия неоднородна. В центральных губерниях её чаще носили дворяне и обедневшие помещики, владевшие деревнями с корнем «Ванин». На севере и в Сибири, где много топонимов Ванино (например, порт Ванино в Хабаровском крае), фамилия могла появиться у крестьян и мещан, переселившихся из этих мест. Встречается она редко и не имеет массовых известных носителей в истории, что делает её скорее «кабинетной» — то есть возникшей не из прозвища, а из официальной записи по месту жительства.