Фамилия Ванинова образована от имени Ваня – уменьшительной формы мужского имени Иван (каноническая форма – Иоанн). В переводе с древнееврейского это имя означает «милость Божья». Фамилии с основой Иван- являются одними из самых распространенных у русских, так как имя Иван на протяжении нескольких столетий (с XVI по XIX века) оставалось самым частым: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваня, со временем получил фамилию Ванинова.