Фамилия Ванинова входит в обширную группу русских фамилий, образованных от производных форм имени Иван. В основе лежит уменьшительное имя Ваня, которое в народном быту было едва ли не самым распространенным вариантом полного имени Иван (каноническая церковная форма — Иоанн). В переводе с древнееврейского это имя означает «милость Божья».

По своему строению фамилия Ванинова — типичная «матронимическая» или, точнее, «патронимическая» модель с суффиксом -ов. Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывал на принадлежность: «Ванинов» буквально значило «сын Вани». Такая модель доминировала в центральных и северных губерниях России, вытесняя более древние формы на -ин.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила именно форму Ваня, а не Иван или Ванька. Это указывает на то, что прозвище или неофициальное имя предка было именно ласкательным, а не грубоватым или уменьшительно-пренебрежительным (как Ванька). В русской ономастике такие «мягкие» варианты чаще встречались в среде крестьян и посадских людей, где имя Ваня было обычным обиходным обращением.

Статистика подтверждает: имя Иван с XVI по XIX век оставалось самым частым у русских, охватывая от 15 до 25% всех мужчин среди крестьянства. Поэтому фамилии с основой Иван- (Иванов, Ванин, Ваньков, Иванищев и др.) — одни из самых распространенных. Фамилия Ванинова встречается реже, чем, скажем, Иванова, но её география широка: носители есть в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселялись крестьяне в XVII–XIX веках.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии Ванинов был обычным крестьянином или ремесленником, которого в документах записали по отцу — Ване. Никакой связи с дворянскими родами или знатным происхождением эта фамилия не имеет, что типично для подавляющего большинства русских фамилий на -ов.