Фамилия Ванинина — женская форма, а мужская, соответственно, Ванинин. Она образована от имени или прозвища с помощью суффикса -ин, одного из самых распространённых в русской фамильной системе. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Ванинин», то есть сын, потомок Ванины.

Основа здесь — Ванина. Это не полное имя, а, скорее всего, производная форма от крестильного имени Иван. Иван — одно из самых частых имён в русской истории, и его уменьшительных вариантов десятки: Ваня, Ванюша, Ванятка, а также Вана, Ванина. Ванина — это ласкательное или обиходное именование, которое могло закрепиться за человеком в быту. В старину так могли звать не только ребёнка, но и взрослого, особенно в северных и центральных губерниях, где цокающие и акающие говоры порождали формы вроде «Вана» вместо «Ваня».

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Ванина, связанного с глаголом «ванить» — в некоторых диалектах это означало «медлить, мешкать, валандаться». Если предок получил такое прозвище за нерасторопность, то фамилия образовалась бы по той же модели: Ванина → Ванинин. Однако эта гипотеза уступает первой по вероятности, так как подавляющее большинство фамилий на -ин происходит от имён, а не от редких диалектных глаголов.

Географически фамилия Ванинин встречается нечасто. Её можно найти в документах по Вологодской, Кировской и Архангельской областям — именно там была сильна традиция использовать уменьшительные формы на -ина. В отличие от фамилий на -ов (Иванов, Петров), которые охватили всю Россию, фамилии на -ин чаще встречаются на севере и северо-востоке, где жил более однородный в языковом отношении славянский состав.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Ванинин, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано, что типично для «простых» отыменных фамилий, которые закрепились за крестьянскими семьями после отмены крепостного права в 1861 году, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по имени отца или деда.