Фамилия Ваничин образована по модели, типичной для северных и сибирских говоров, с помощью суффикса -ин, который в данном случае присоединен не к основе имени или прозвища напрямую, а к форме на -ич. Это патронимическая фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Ванича, то есть потомок человека по имени или прозвищу Ванич.

Основа фамилии — Ванич. Скорее всего, это краткая форма от канонического имени Иван (от древнееврейского Иоанн — «милость Божья»). В русской народной традиции имя Иван дало десятки производных: Ваня, Ванюта, Ванюха, Ванята и, в том числе, Ванич. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ич в имени Ванич встречается реже, чем стандартное -я, что делает фамилию заметной на фоне массовых Ваниных, Ванюшиных или Ваньковых.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Ванич, данного человеку с каким-либо характерным признаком, например, за манеру речи или поведения. Однако прямое указание на имя Иван — самое естественное объяснение, поскольку фамилии от производных форм этого имени — одни из самых частых в России.

Географически фамилия Ваничин тяготеет к регионам, где было распространено «оканье» и сохранялись архаичные суффиксы. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, а также среди староверов, переселявшихся в Сибирь. Именно в этих местах именование «Ванич» вместо «Ваня» могло закрепиться в качестве уличного прозвища, которое затем легло в основу фамилии.

Родственные фамилии — Ваничев, Ванищев, Ваничкин. Разница в суффиксах отражает разные диалектные формы одного и того же имени: если Ваничев — это «сын Ванича» (с более мягким произношением), то Ваничин — «сын Ваничи» (с твердым окончанием), что указывает на севернорусскую или сибирскую основу.