Основой фамилии Ванюкова послужило церковное имя Ванюк. Имя Ванюк является производной формой имени Иван (каноническая форма Иоанн), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Скорее всего, основатель рода Ванюковых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ванюк, со временем получил фамилию Ванюкова.