Фамилия Ванюков образована от имени Ванюк — народной, обиходной формы канонического имени Иоанн. В русской традиции Иван (исходная форма) было самым распространённым мужским именем на протяжении нескольких столетий, и от него возникли сотни фамилий. Ванюк — одна из уменьшительных или, точнее, производных форм, характерная для северных и центральных говоров: суффикс -юк придавал имени оттенок принадлежности или ласкательности, но в фамилии закрепился как указание на родство — «сын Ванюка». Значение самого имени восходит к древнееврейскому Йоханан, что означает «Яхве (Бог) смилостивился», «милость Божья». В православной традиции это имя носил Иоанн Креститель, поэтому оно получило массовое хождение на Руси.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Ванюк добавлялся патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях отвечал на вопрос «чей?». То есть Ванюков — буквально «принадлежащий Ванюку», «потомок Ванюка». Такая схема типична для фамилий, возникших в XV–XVII веках среди крестьян и посадских людей, когда отчество закреплялось за семьёй и переставало меняться. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), форма на -ов указывает, что исходное имя Ванюк склонялось как существительное мужского рода с твёрдой основой.

Поскольку Иван было именем «всесословным», носители фамилии Ванюков могли принадлежать к разным слоям — от крестьян до купцов и духовенства. Однако в переписных книгах XVII–XVIII веков Ванюковы чаще всего встречаются в документах по Вологодской, Архангельской и Вятской губерниям, где суффикс -юк в именах был особенно употребителен. Встречается и вариант написания Ванюков с ударением на второй слог — это севернорусская диалектная особенность произношения.

Стоит отметить, что фамилия Ванюков не единственная в этом ряду: родственные ей Ванюшин, Ванюхин, Ваньков образованы от других производных того же Ивана, но каждая из них закрепилась в своей местности. Таким образом, фамилия Ванюков — типичный пример того, как личное имя, пройдя через уменьшительную форму, стало родовым прозванием, сохранив память о предке, которого в быту звали Ванюк.